Nước thải từ các nhà máy, xí nghiệp trong KCN sau khi xử lý sơ bộ sẽ được thu về trạm xử lý nước thải tập trung. Hiện nay, KCN đang cho xây dựng hệ thống mương hở.

Nước thải công nghiệp khác nhau có các tính chất hóa, lý, sinh khác nhau. Thậm chí nước thải công nghiệp này khi hòa trộn với nước thải công nghiệp khác có thể gây ra những phản ứng bất lợi như tạo ra các khí độc hoặc tạo ra kết tủa làm đóng cặn trong đường ống dẫn nước thải…các loại nước thải công nghiệp không được tập trung trực tiếp lại với nhau, mà chúng được xử lý riêng lẻ ở từng nhà máy, xí nghiệp đạt Tiêu Chuẩn  Tiếp Nhận Nước Thải KCN Xuyên Á sau đó được dẫn về xử lý tập trung tại hệ thống xử lý của Khu công nghiệp.

KCN đã xây dựng nâng cấp hệ thống xử lý nước thải tập trung giai đoạn II thành 2 mô – đun:

-         Hệ 1 có công suất 6.000 m3/ngày. đêm.

-         Hệ 2 có công suất 3.600 m3/ngày. đêm.

KCN Xuyên Á sẽ xử lý triệt để bằng hệ thống xử lý tập trung, đạt chất lượng tiêu chuẩn QCVN 40: 2011/BTNMT loại A trước khi xả vào nguồn tiếp nhận.